传说在四千六百多年以前的上古时期，黄帝的部落(以黄河流域为主)跟蚩尤的部落大战于涿鹿之野，双方打了一年多，不分胜负。黄帝苦闷填心，忧心如焚。一天夜里，忽然梦到了九天玄女娘娘。九天玄女娘娘对他说：你要战胜蚩尤，必须找到九星运转时倒映于地上的奇点和吉门。用背孤击虚之法，可大获全胜。九天玄女娘娘在教给他一些秘诀后，便飘然离去。黄帝醒来，马上将这些秘诀整理成书，就是《奇门遁甲》，又选了一个吉日良辰，修了一个很大的高台，于台上致祭，正式启用“奇门遁甲”。祭祀完后，黄帝就用“奇门遁甲”之方法，对蚩尤进行全面反攻。交战中蚩尤作法兴起了漫天大雾，企图利用大雾的帮助来消灭黄帝。而黄帝在“奇门遁甲”的指导下，马上辨清了方向，又用背孤击虚之法，从生门打向死门一举战胜蚩尤。
此后黄帝把“奇门遁甲”视为至宝，为了长久保存，便命风后把它刻到甲骨上。这风后也是知天文，晓地理，通算术，明阴阳的行家。她在太极生两仪，两仪生四象(春、夏、秋、冬)的启发下，将黄帝的一时一局改为了四时一局。她用四个时辰来象征一年中的四个季节，把四千三百二十局，删成了一千零八十局。一千零八十局中，又分为阳遁五百四十局和阴遁五百四十局。这就是“奇门遁甲”历史上的第一次改革。
到了商朝末年，有一个叫姜子牙的人于昆仑山上学得此术，下山后看到商朝天子纣王无道，涂炭生灵，残害百姓，人民生活在水深火热之中，而周室兴隆之气渐现，于是就用“奇门遁甲”去辅佐周室武王。他运用星门变换、踏罡步斗和神遁法门(九天、丙、生门)等方法，幻化时空，改死为生，从而达到了推翻商朝建立周朝的目的。姜子牙在“奇门遁甲”的运用中，觉得一千零八十局还太繁锁，于是又把它跟一年中的七十二侯联系起来，改一千零八十局为七十二局，这就是“奇门遁甲”历史上的第二次改革。
到了秦朝末年，一个叫张良的青年人，有一次经过下邳的圯上，遇一老者坐于其上，而鞋子却掉到桥下去了，老者很不礼貌的对张良说：“小子，快给我把鞋子捡起来!”张良待要发怒，见是一老者，只得把怒气忍了下去，怏怏地走到桥下帮老人捡起了鞋。老者又傲慢地对他说：“穿上!”张良再一次强忍着不平之气为其穿上。老者起身扬长而去，但去不数步，却又折转身来对张良说：“后五日平明在此等我。”五日后的平明张良赶到约会地点，老者已先到了。老者见张良晚于他，非常生气地说：“与老人约会，为什么滞后?五日后再会。”五日后鸡尚未鸣，张良便来到了约会地点，可老者又先到了。老者再次生气地说：“这一次又晚于我，为什么?后五日再会!”这次还没到半夜，张良就赶到了约会地点。老者也随之赶到，并从怀中取出一本书来送给张良说：“读了此书，可以作帝王之师;可以帮助有帝王气慨的人建立新的朝代……”这本书就是“奇门遁甲”。
张良凭着自己的刻苦精神和聪明才智，很快就把“奇门遁甲”的原理弄通了。他感到“奇门遁甲”局数虽多，却跳不出洛书九宫之数，因此也对“奇门遁甲”进行了一次删改。他把姜子牙的七十二局减到了十八局，在十八局中再分阴九局和阳九局，使“奇门遁甲”的布局更为精当，这就是“奇门遁甲”历史上的第三次改革。张良后来在帮助汉高祖刘邦推翻秦朝、平定诸候、战胜项羽的过程中，最常用的就是天遁、地遁和三奇并进之方法。
三国时，曹操率百万大军攻打东吴，双方战舰分列于长江两岸。东吴大将军周瑜想用“火”来攻克对方，而用火攻就必须要有东南风，隆冬之时，又哪里有东南风呢?因此周瑜忧虑成疾一病不起。诸葛亮前来探病，对周瑜说：“亮虽不才，曾遇异人，传授奇门遁甲天书，可以呼风唤雨。都督若要东南风时，可于南屏山建一台，名曰七星坛……。”周瑜听完随即病好，火速于南屏山上建起一台。此台高九尺，作三层。诸葛亮用一百二十名士兵守护，于台上按二十八宿的方位属性树起青、红、白、黑二十八面旌旗，又布以八门、八卦、九星，然后踏罡步斗，仗剑念咒，趋使六丁六甲，终于帮周瑜借来了东南大风，使其顺利的战胜了曹操的百万雄兵……。诸葛亮一生贯用“奇门遁甲”，到死之时还想用“奇门遁甲”借寿，不料被魏延撞翻了七星灯而未成。
中国的先人用“奇门遁甲”建邦立国的例子太多了，如：唐朝的徐茂公，明朝的刘伯温等等…… 都是用“奇门遁甲”来行兵打仗夺取江山的，所以“奇门遁甲”倍受帝王喜爱，并珍藏而暗习之，“奇门遁甲”也因此被称作帝王之学。
在中国几千年的历史长河中，“奇门遁甲”术在选择传人时非常地慎重和严谨，一般是单传和秘传。有的师傅把此书藏于山洞之中，待百年后的有缘人得而习之。社会上流传的“奇门遁甲”讹本较多，真本难得，少数真本也是错误百出，使学者难登堂奥，只得望洋兴叹!
“奇门遁甲”开始主要用于行兵打仗，即如何布奇门以打败敌军;如何在遇到强大不可抵抗的敌军时，隐遁保全自己的部队;如何呼风唤雨为我所用;如何对世间的事物进行预测……
解放战争初期，阎锡山的部队大举进攻延安，毛泽东只好带着他的中央机关转移(逃跑)。当毛泽东跑到一个歧路口时，便指挥部队走东边的一条路，并于路边立了一块：“毛泽东由此向东”的牌子，看到牌子，追上来的敌兵一下子不知所措了，毛泽东也就顺利地摆脱了敌人的追击。后来听人们说，毛泽东身边有懂“奇门遁甲”的人。毛泽东所走的那条路，刚好上临丙奇与九天，下临生门，时间、空间的交汇形成了一个盲点。在盲点上人们容易产生视而不见之状况，好象大脑思维突然停滞了一样。